Re: [閒聊] 這篇paper有點油

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※ 引述《Keelungman (金坷拉是新世界的神)》之銘言: : 這篇paper有點油,我都不看的peko : https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si : mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules 此篇 Paper 是計算化學領域的文章,刊登在歐洲的期刊 PCCP 上 (physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123) 計算化學簡而言之就是用電腦模擬的方式,來提供一些實驗無法或不易觀測到的物理性質 有時候也是節省成本、找出可能的最佳實驗條件的方法,畢竟只需要計算資源和電費。 個人讀paper習慣順序為:標題->摘要->圖->結論 我們一起用這個結構來看看這篇文章 標題:Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational Properties of Free Molecules 先做個簡單的名詞解釋 Vibrational Property 振動性質,通常是在講分子振動模式,舉例來說分子吸收了特定波長紅外線後會產生特定 的振動模式,大家最常用到的微波對於水分子加熱也是如此(微波其實是讓水分子轉動) Free Molecules 硬要翻譯就是自由的分子,指不受到其他原子作用力影響的分子, 通常是在氣態(gas phase),李遠哲院士的交叉分子束方法中的分子即為此狀態, 可以微觀精確地研究化學反應中的分子動力機制。 舉例來說,一杯水的紅外線光譜會是在很廣的波長區間內有一大包訊號, 然而數個水分子的紅外線光譜則是在很狹窄的區間內有一尖銳訊號, 如圖:https://imgur.com/iiTrSkd(圖A:液態水vs五個水分子團)
繼續讀到 Abstract 他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC) 與之對照的是經過 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB 好耶!太多名詞了講下去應該會沒完沒了,我們直接跳到圖四吧! ============================================================================== https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
Christina 代表著 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置,而揮舞的雙手代表著硫(S)原子 雙手往上下揮動代表 bending vibration, 伸直出拳的方向則代表 stretching vibration, 是兩種不同的振動模式 而在圖中背景的位能面(potential energy surface)上紫色區域代表硫原子最適位置 即要給予足夠的動能(振動)才能跨出位能面上的低點區域。 BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年諾貝爾獎) 的函數之一, 6-31G 是 Basic set, 描述電子軌域的範圍, 通常研究越多電子的原子要使用越大的Basic set ============================================================================== 回到 Abstract,其中講到了經過量子效應修正後的古典計算方法就能有不錯的表現 實際上看到 Table 4 也是如此,對比 MC vs MC+QA,發現 l(C-S) 和 l(S---S) 兩項 vibration 的距離經過量子效應修正都更接近實際的實驗數據(Exp.) 這也是結論要講述的概念,但這邊用了一個字 a "posteriori" quantum corrections 代表我們該選用哪一種 quantum corrections 也是得憑經驗, 沒有人一開始就知道該怎麼做,往往需要花費不少代價做前置測試,才摸索出正確的道路, 正像是鳳凰院凶真不斷地跳躍世界線,才抵達真正的結局。 Molecular Dynamic (MD):分子動力模擬,隨機方向動能後計算受力與能量,             在時間間隔選取得很小的情況下能量與結構計算才會精準 Monte-Carlo (MC):蒙地卡羅模擬,蒙地卡羅為因賭博成名的城市,          以機率判定來決定是否移動計算位能面,適合描述低點 DFT:1964年由 Walter Kohn 和 Pierre Claude Hohenberg 發現電子密度和能量(結構)有一對一的函數關係 題外話,李遠哲之父為李澤藩,最近他的部分畫作在《不朽的青春》北師美術館展出 展覽免費但只到這周日,歡迎大家有空去看! --
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 123.194.179.237 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/C_Chat/M.1610646836.A.C20.html
1FTtei: 原來如此peko 01/15 01:57
2Fmameshibu: 沒錯我也是這麼認為的 01/15 01:57
3Faaa5118: 你不要這麼專業好不好 01/15 01:58
4Fqpb852qpb742: 嗯 跟我想的差不多 01/15 01:59
5Fbobby4755: 雖然看不懂 但還蠻意外助手是有代表東西的 XD 01/15 02:00
6Fwadechen666: 恩 原來如此 我知道了peko 01/15 02:02
7Ffragmentwing: 所以你覺得這篇有什麼意義(聽說評委很愛問這個) 01/15 02:03
8Ffragmentwing: 而且這篇結論被問這種問題的機率應該又高了不少 01/15 02:04
不要拿當年被問的問題荼毒別人阿XD 這篇的貢獻其實是他教你用簡單省錢的方法做出不錯的結果 當年CCSD和MP2這種精確但貴的方法一跑就是一兩個月起跳, 用他的方法可能花一天計算結果就出來了
9Farrenwu: 至少我知道計算化學是研究如何設計好的模擬系統來減少 01/15 02:05
10FBansar: 嗯嗯 跟我想的一樣 01/15 02:05
11Farrenwu: 需要做的實驗了 01/15 02:05
12Fmorichi: 這份研究的貢獻是什麼peko 01/15 02:05
13Farrenwu: 只是這篇涉及微觀世界的成分太高 我就看不是很懂了 01/15 02:05
14Fmorichi: 這份研究的問題為什麼重要peko 01/15 02:05
15Fqqq3892005: 嗯嗯跟我想的一樣 01/15 02:06
16Fmorichi: 我被問的問題4這樣 01/15 02:06
17Farrenwu: 貢獻跟為什麼重要其實算是同一個問題吧XD 01/15 02:07
18FIllMOR: 紅明顯,這張圖是真的嗎,怎麼就直接登上去沒被擋下來 01/15 02:08
19Fhong1310: 說中文== 01/15 02:08
20Farrenwu: @I11MOR https://bit.ly/2MWoKeC 真的啊 連結在這 01/15 02:09
21FIllMOR: 然後就算是真的caption也應該要寫清楚圖代表什麼意思? 01/15 02:09
22FIllMOR: researchgate上面的pdf應該是別人上傳的? 01/15 02:10
23FIllMOR: 出版社官網沒學術IP不給下載QQ 01/15 02:10
我用學術網路載下來看也是的同樣的圖喔peko
24FJOHN9814: 推peko 01/15 02:12
25Fmorichi: 差別就 強調成果和強調目的吧 老闆滿在意這個的Q.Q 01/15 02:12
26Farrenwu: 我了解妳說的意思了。但我用Google Scholar 找到的也是 01/15 02:12
27Farrenwu: 連結到ResearchGate的那個 01/15 02:12
28Ffragmentwing: 某個網站上有 但我想我沒法在ptt上透漏是哪個網站 01/15 02:13
29Ffragmentwing: 雖然我支持那網站理念不過目前那好像也算盜版 01/15 02:13
30Fwadechen666: s開頭的那個? 01/15 02:13
31Ffragmentwing: 我最多只能說 它和某知名成人網站名稱很像 01/15 02:14
32Ffragmentwing: 恩恩 01/15 02:14
33Fabadjoke: 我比較好奇他中間放的圖reviewer問的時候他是怎麼回的 01/15 02:14
34FIllMOR: 4-10不管這個吧@@" 01/15 02:14
35Farrenwu: 回說是個 Cartoon Character就好了吧 01/15 02:15
36Ffragmentwing: 好像也對 反正在八卦都能直接講的樣子 01/15 02:15
38Fsmart0eddie: 左轉 01/15 02:21
39Ffragmentwing: 痾 IllMOR大不會還在找那個網站吧 scihub 01/15 02:26
40Fr901700216: 嗯嗯差不多就是這樣講得很不錯嘛peko 01/15 02:28
41FLeeJing: 啥~小~啦~ 要不要吃~哈~蜜瓜 01/15 02:35
42Fklaynaruto: 某網站 有在讀paper的應該多少都知道吧 公開的秘密 01/15 02:35
43Farrenwu: 我之前的學校什麼鳥但期刊都有買,所以不知道妳們在講啥 01/15 02:35
44Farrenwu: 網站XDDD 01/15 02:35
45Ffragmentwing: 那網站某種意義上比Google 還好用 01/15 02:37
46Fmayolane: 幸好我大致上還看得懂,化學系沒白念 01/15 02:38
47Finte629l: basis set是描述電子群波函數的數學基底嗎? 我只知道光 01/15 02:38
48Finte629l: 是氫原子就要用上奇奇怪怪的特殊函數了XD 01/15 02:39
49Fmayolane: 氫原子是單電子系統所以沒長那麼奇怪啦 01/15 02:40
50FIllMOR: F大,其實我知道這個網站啦,但他資源應該也是別人上傳的? 01/15 02:41
51FIllMOR: 倒是researchgate顯示那張圖是來自作者本人... 01/15 02:42
放心啦我從PCCP官網上抓下來的paper圖也是這張,太油了peko
52Fsmart0eddie: 不一定 有些作者自己會公開 01/15 02:42
53Ffragmentwing: 可能覺得原本的一片白很空吧 01/15 02:43
※ 編輯: Nsquare (140.112.150.229 臺灣), 01/15/2021 02:49:02
54Flyt5566: 我來錯版了嗎peko 01/15 02:49
55FNsquare: inte大,沒錯唷,和用來描述的函數以及函數數目有關 01/15 02:53
56FAdomiZA: 總之這跟In silico從DB撈資料再餵演算法爆開得解差不多 01/15 03:01
57FAbukumaKai: 原來如此我懂了peko 01/15 03:03
58FGGINDOWBOW: 是的 peko 我也是這麼想的 01/15 03:09
59Fmmsw: 沒看文章想問一下這篇是用 ab initio 算的嗎 01/15 03:23
一開始的 CCSD 和 MP2 方法都算 ab initio 喔!
60FEverforest: 油油 01/15 03:24
61Frainxo6p: 嗯這裡是C洽沒錯 沒有…迷路? 01/15 03:48
62Fsmallkaka: 姆咪 01/15 04:39
63Faegis91086: 感謝論文說明 01/15 05:00
64Ftsai1453: 可能從referee到editor都很油吧哈哈 01/15 05:42
65Fnalthax: 哈哈哈哈 01/15 05:52
66Fmarktak: 好的凶真 Magical divine starlight breaker. 01/15 06:27
67Fmax410286: 恩 跟我想的差不多peko 01/15 06:31
68Fyeswecannot: 以後量子電腦出來 超強計算能力直接ab initio硬解 01/15 06:31
69Fyeswecannot: 現在還不是計算化學的黃金年代 定位有點尷尬 01/15 06:31
我也在等那一天,但其實我已經轉跳去其他產業了XD 針對量子電腦的演算法改寫應該是另一件完全不同的事情就是了 目前也沒有什麼量子電腦的資源能讓群眾開發
70Farrenwu: ab initio那作法確定用量子電腦做比較快了嗎? 01/15 06:34
71Fnickely: 原來如此peko 01/15 06:56
72Fowlman: 我比較好奇用了角色要不要列在reference 01/15 07:20
73Fnaya7415963: ptt是學術論壇(驚覺 01/15 07:24
74FAlcatraz666: 嗯嗯 跟我想的一樣 01/15 07:29
75Fasderavo: 嗯嗯,那我是完全懂了peko 01/15 07:32
76Ffelixden: 看不懂啦 01/15 08:05
77Fceaher: 原來如此peko 01/15 08:26
78Fcities516: 嗯 原來如此 01/15 08:29
79FCorkiN: 嗯嗯原來如此peko 01/15 08:32
80FDMW9527: 哦哦哦peko 01/15 08:34
81Fhduek153: 跟我看的差不多peko 01/15 08:39
82Fwj12240522: Sci-h......... 01/15 08:43
83Fbestteam: 李澤藩美術館免費參觀啊 01/15 08:50
原來如此,我最愛當免費仔了peko
84Fjoewang85: 原來是這樣阿peko 01/15 09:05
85Fteachjinjin: 助手我老婆 01/15 09:19
86Fminame: 版權沒問題啦,我不相信你各位論文用lena圖的有playboy授 01/15 09:44
87Fminame: 權 01/15 09:44
88Fgungunit: 不用考試的數理總是看起來特別有趣 01/15 09:46
年輕時曾經把電腦想像成魔鏡,覺得未來有一天電腦一定能回答所有人類想問的問題
89FJamesChen: 這沒有版權問題? 01/15 09:52
90FJamesChen: 那我以後也來用 01/15 09:53
91Farrenwu: 我是覺得reviewer沒要求他換個比較簡單的圖挺妙的 01/15 09:54
92FAlianF: 至少我會願意讀 我書報每天都是IR 頻譜分析QQ 01/15 09:56
93Fqqqaz9527tw: 恩我也是這樣覺得 01/15 09:59
94FSeijyaKijin: El Psy Congroo 01/15 10:37
El Psy Congroo!
95Fhenry4204aaa: 太好了不需要IBN5100也能計算了 01/15 10:49
96FArctica: 就說西恰一定行 01/15 11:52
97Fgutalic: 點數挺高的 01/15 11:57
98Frayisgreat: 靠 這paper給過真的鰻猛的 01/15 13:06
如果是我老闆一定先罵我一頓然後叫我換圖XDDDD
99Fsochensun92h: 沒錯啊 跟我想的差不多 01/15 13:16
100FSacrificesPi: 好 你下次meeting再報一次 01/15 15:09
101FNicoNeco: 這一切都是stein gate的陰謀 01/15 15:10
102Fsillymon: 我逐漸理解一切peko 01/15 17:04
103Faha8877: 恩恩原來如此,供三小 01/15 17:43
※ 編輯: Nsquare (123.194.179.237 臺灣), 01/15/2021 19:58:19

完整討論串

留言數 標題 作者 日期
34 [閒聊] 這篇paper有點油 Keelungman 2021/01/14 00:07:27
103 >> Re: [閒聊] 這篇paper有點油 Nsquare 2021/01/15 01:53:53

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